1. 細胞培養物 健康的細胞培養物是成功轉染的基礎。不同細胞有不同的培養基，血清和添加物。低的細胞代數(<50)能確保基因型不變。高的轉染效率需要一定的細胞密度，一般的轉染試劑都會有專門的說明。推薦在轉染前24小時分細胞，這將提供正常細胞代謝，增加對外源DNA攝入的可能。一定要避免細菌，支原體或真菌的污染。
2. 血清大多數培養基在使用前需要加血清。胎牛血清(FCS)經常用到，便宜一點的有馬或牛血清。通常的，血清是一種包含生長因子及其它輔助因子的不確切成分的添加物，對不同細胞的生長作用有很大的差別。血清質量的變化直接影響轉染效率。因此在轉染前建議先測(轉右) 試出對細胞生長良好的血清批號，轉染時用同一批號的血清，并同時做負對照(不加轉染試劑及外源DNA)以測試細胞生長是否正常。有些轉染技術如脂質體轉染在有血清存在情況下效率很低，因此在轉染前要除血清。但有些對此敏感的細胞如原代細胞會受到損傷，甚至死亡導致轉染效率極低。
3. 載體構建 轉染載體的構建(病毒載體，質粒DNA，RNA，PCR產物，寡核苷酸等)也影響轉染結果。病毒載體對特定宿主細胞感染效率較高，但不同病毒載體有其特定的宿主，有的還要求特定的細胞周期，如逆轉錄病毒需侵染分裂期的宿主細胞，此外還需考慮一些安全問題(如基因污染)。除載體構建外，載體的形態及大小對轉染效率也有不同的影響，如前面提到的超螺旋及線性DNA對瞬時和穩定轉染的影響。如果基因產物對細胞有毒性作用，轉染也很難進行，因此選擇組成或可調控，強度合適的啟動子也很重要，同時做空載體及其它基因的相同載體構建的轉染正對照可排除毒性影響的干擾。
4. DNA質量 DNA質量對轉染效率影響非常大。一般的轉染技術(如脂質體等)基于電荷吸引原理，如果DNA不純，如帶少量的鹽離子，蛋白，代謝物污染都會顯著影響轉染復合物的有效形成及轉染的進行。核酸純化**品牌德國QIAGEN公司提供的超純質粒抽提試劑盒，能達到兩倍2x CsCl梯度離心以上的純度效果，使您不必為DNA質量操心。此外，對一些內毒素敏感的細胞(如原代細胞，懸浮細胞和造血細胞)，QIAGEN還提供可去除內毒素污染的質粒抽提試劑盒，在質粒抽提過程中有效去除脂多糖分子，保證理想的轉染效果。
5.轉染技術轉染技術的選擇對轉染結果影響也很大，許多轉染方法需要優化DNA與轉染試劑比例，細胞數量，培養及檢測時間等。
